电锅炉在运行的时候消耗的电能，所以其运行成本的降低要从节约电费开始，但是要在保证电锅炉预期运行效果的前提下。在实际工作中，有很多操作要求都是为此而设计的，所以都必须要严格遵守。
首先一点是要合理选择电锅炉的功率，主要的参照依据就是采暖面积的热负荷，通常情况下，建筑结构、高速、采光面积、位置等的不同，它的热负荷也是有区别的，再次基础上计算得到的功率才是合理的。
有一些用户认为，如果电锅炉的功率越小，就越能节省运行费用。但其实并不是这样的，因为如果所选用的电锅炉功率不够的话，不但达不到温度要求，还有可能造成电锅炉连续不停机使用，会直接缩短设备的使用寿命。
其次，应该要合理调整电锅炉的供回水温差，目的是为了提高传热系数，使电锅炉效率变高，从而大幅度降低整个电锅炉采暖期的运行费用。
关于电锅炉的温度，还需合理设置的有它的上限温度、夜晚控制温度等，由于电锅炉是间歇工作的，当供水温度小于设置的上限温度时，电锅炉开始加热；而当供水温度到达上限温度时，电锅炉就会进入保温状态。所以说，不能将电锅炉的上限温度设置过高。
当电锅炉用于采暖系统中的时候，夜晚对于温度的要求并不会很好，这种情况下就要将温度适当调低，也可以节省一部分运行费用。尽可能的在电锅炉中安装恒温阀，使温度处于恒定状态，达到节省运行费用的目的。