生物质锅炉运行中消耗的生物质燃料，当然燃料也必须满足一些条件才可以，如果其质量不达标或者规格不符的话，会直接造成生物质锅炉的运行受到不良影响。除了生物质锅炉给料必须合格之外，它的清洗系统也要设计合理。

作为生物质锅炉的燃料，必须掺混均匀，不均匀的话容易出现层状堆积，导致直线螺旋给料机进料时无法掺混均匀，出现单一燃料进入料仓，影响生物质锅炉的正常运转。

还有关于生物质锅炉燃料的水分，不能超过设计规定范围，避免造成燃料黏结，堆积密度增加，空隙率减少，在料仓堆积压实，形成堆积墙，产生蓬料，尤其是单一螺旋不能运行时更加明显。

另外，燃料内长纤维所占比例以及燃料的颗粒度大小，都会影响着生物质锅炉的运行，要么因燃料黏结产生团状连接，形成料塞，要么因燃料颗粒而增大堆积密度越大，产生蓬料和堵料。

生物质锅炉清洗系统的设计也有很多讲究，比如说临时管道内不得有砂石和其他杂物，水平敷设的临时管道朝排水方向的倾斜度不得小于1/200。.生物质锅炉清洗泵入口应加装小于5mm的滤网，且水箱水位应高于泵进口至少2m，目的是为了防止气蚀。